行業利潤下降難以避免
在意見稿中，將生產企業銷售利潤率改成以類型劃分，比如化學藥有效成分創新為18%，相當于過去三類新藥的最高銷售利潤率。
此次，意見稿對中藥的傾斜明顯。從意見稿中可以得知，中藥的銷售利潤率最高，生物藥其次，化學藥最低，依次分別高出2～3個百分點。
盡管如此，國泰君安分析師易鏡明還是看好醫藥，不過在行業估值較高的背景下，政策疑云有待時間消化，因此短期內醫藥行業可能將繼續調整，時間可能達到2～3個月。
賀平鴿亦認為：“藥價調整是行業常態，與日益擴容的市場相比，即使存在短期陣痛，增勢仍不變。新醫改僅僅一年，已經顯著拉動了基層強勁的消費需求。”
可以說，增長才是醫藥行業的主旋律。她告誡投資者，不要因此而迷失戰略性主流投資方向。
除此之外，在管理辦法中，明確限定了“政府指導價”藥品“從出廠到零售之間的價格差額”，而且留下的加價空間很小，這樣對很多
代理模式企業的盈利影響很大。
王晞認為，此次政策的出臺，可能會加速醫藥流通領域的整合進程，大型醫藥商業企業的市場集中度有望進一步提升，但利潤率的下降仍然不可避免。與之相關的國藥股份（600511）、一致藥業（000028）將迎來一系列的變局。
這是自2008年股市進入熊市后，醫藥股迎來的最重的打擊，而一直具有抗壓性能的醫藥股，也終于保不住另類地位。
多家分析機構人士表示，因為新藥管還未正式出臺，對藥企的具體影響還無法完全判斷；明顯的是，與2000年版相比，此次執行力度肯定會加大。
而參與真正執行監管，不再只是藥監局，工商管理部門也將參與其中，主要是從企業增值稅方面介入。此項如果真正執行，將讓藥企灰色利潤告別“隱遁無形”。
成本核實難題
那么明顯對于靠規模占據優勢的企業，可能將告別長陽，迎來長陰。而行業內也將因此迎來重組。
在政策能夠如實執行的前題下，短期內醫藥企業利潤水平將不同程度的降低，一些中小企業甚至會面臨生存的壓力，可能會引發行業洗牌。
長期來看，該政策將促使醫藥企業加大產業升級的力度，爭取仿制藥出口，避免受到國內藥品價格的制約。
因此，研發能力強的優質企業的競爭力有望得到提升。比如，恒瑞醫藥（600276）堅持多年的仿制藥創新，使其有機會獲得超量收益。
新藥管的關鍵在于執行。在賀平鴿看來，最關鍵的問題在于：誰來一一核實“5000多家工業企業+13000多家批發企業+13萬家零售企業，無數藥品品規”的成本數據？
可能新藥管只是表達了監管層的終極調控方向和目標，當然如果醫藥行業已經實現高度集中了，巨型醫藥企業能達到這樣的利潤率和差價率，仍然算得上好企業。
現下中國藥企遍地重生，在新藥管背景下，將迎來“以大吃小”和“以創新代替仿制”的大趨勢，重組潮醞釀其中。
近期，經過一系列并購重組，國藥集團、華潤集團、新上藥集團3家座次排定，重新排座后的行業大佬浮出水面，近期國家要求在國內形成幾個醫藥領袖集團的設想正在初步實現。但醫藥業內的整合還遠遠沒有塵埃落定。未來醫藥行業整合、集中度提升是必然趨勢。
安邦咨詢分析師邊晨光認為，制藥企業所受影響相對較小，流通企業則沖擊較大。未來1年，我國1.6萬家醫藥企業或將減少一半。
邊晨光指出，醫藥產業將主要出現兼并重組、強強聯合的趨勢，行業集中度將不斷提高，專業化、細分化趨勢也將愈發明顯，擁有自主研發能力及創新度高的企業將逐漸成為主流，而一些小企業可能會在未來10年里消失不見。
無論如何，此次意見稿出臺，是否執行徹底，才是關鍵；如果不能執行，就會遭遇2000年版藥改一樣的狀況，無法改變大部分藥企的現狀。