就中藥產業來看，大陸輸臺主要以中藥材及飲片、提取物為主，保健品和中成藥所占比例較小。

　　管理部門：中醫藥委員會起重要促進作用

　　2009年，臺灣健保局支付的醫療費用總額為1323億新臺幣，其中，中藥濃縮制劑支付總額為63.1億新臺幣,占健保總體支付藥費的4.8％。目前通過臺灣健保局審核，可報銷的中藥品種達800余種。臺灣中醫院年接診量為3600萬件左右。

　　臺灣中醫藥的行政管理隸屬于臺灣“行政院衛生署”，主要涉及其下屬的“中醫藥委員會”、“藥政處”、“藥物食品檢驗局”等單位。其中，“中醫藥委員會”對臺灣島內中醫藥的發展起到了重要的促進作用。

　　“中醫藥委員會”主要負責辦理中藥藥品查驗登記、變更、展延許可證；修訂中藥相關法令規章；推動中藥廠全面實施GMP制度；建立中藥材管理制度；修訂中藥臨床試驗辦法等。該委員會還負責監督對中藥材的品質管理，并對中藥材實施源頭管理。2009年，該委員會對57種中藥材品種的炮制方法進行了評估和確定，并編制了《常用中藥炮制匯編》，供島內各GMP中藥廠參考。

　　另外，臺灣方面也在中藥品質標準上進行了規范，對農藥殘留、重金屬及黃曲霉素限量均作了要求。臺灣方面在落實中藥材品質管制的同時，也在積極地加強中藥制劑管理。

　　產業現狀：藥材依賴大陸進口，中成藥質控水平高

　　臺灣中藥材以進口為主，對大陸藥材依存度很高。雖然臺灣本土具有藥用價值的植物多達2000多種，但中藥資源仍舊有限，藥廠主要是通過從臺灣以外地區進口中藥材，然后將其加工成制劑上市銷售。

　　臺灣中藥材的年進口額一般為24億新臺幣左右（不含提取物和以食品名義進口的），主要是人參產品，占藥材進口總額的28.5％。進口藥材中60％～70％來自大陸，大陸為臺灣許多藥材的單一進口來源地。臺灣目前用量最大的藥材分別為人參、當歸、枸杞、黃芪和川貝。臺灣用量最大的藥材飲片分別為當歸、熟地黃、甘草和川芎。

　　來自大陸藥材帶動的終端產品總值達到680億新臺幣。目前來自大陸的中藥材的6.2％主要用于生產中藥制劑，另30％主要應用于食品加工（香料、調味料和保健食品原料），還有33.8％用于中藥房（中醫師方劑、藥膳食補方劑和民俗療法原料），最后的30％用于動物飼料添加劑、化妝品原料和環境衛生用品原料等方面。

　　中草藥成為臺灣保健食品的主要原料，功能以降血脂為主。目前在臺灣已經通過保健食品認證的產品達190多種，其中70多種（接近4成）以中草藥為原料，成分以茶葉、人參和真菌類為主。中草藥保健食品以降血脂比重最高，保肝居次，之后為免疫調節和抗疲勞，這4種功能產品占全部中草藥保健食品的80％以上。整體而言，在臺灣衛生署通過的13項功效認證中，除牙齒保健、輔助調整過敏體質和調節血壓外，其他10項功效中都有中草藥產品。

　　臺灣中藥產業整體增長緩慢且內銷為主，但在中藥制劑品質管控及生產技術上已達世界水準。

　　截至2009年底，臺灣GMP藥廠總數達到了118家，其中中藥制劑的產值僅占臺灣制藥業產值的1/10，近7年以來，臺灣中藥制劑的年產值基本維持在50億新臺幣左右，因島內市場消費有限，所以臺灣中藥產業增長也較為緩慢，年增長率僅為2％。

　　臺灣中藥廠大多為中小企業，臺灣中藥制劑產業主要有三大類,分別為源自日本的“濃縮劑型”，約占中藥總產值的71.5％；丸散膏丹的“傳統劑型”，約占中藥總產值的28.2％；“西藥劑型”，約占中藥總產值的0.3％。資本額超過1億元的廠家如勝昌、順天堂、科達、港香蘭等。目前臺灣的中藥制劑廠已全面實施GMP制度,再加上部分的濃縮制劑廠在1970年以后已經開始外銷日本，因此在品質管控及生產技術上已達世界水準。

　　臺灣絕大部分中藥制劑企業的產品銷售以島內市場為主，島內市場的銷售額占中藥制劑生產總值的4/5，而臺灣中藥制劑產品外銷市場以亞洲為主，2009年其外銷市場主要為新加坡、美國、日本、馬來西亞和中國香港。

　　因此，臺灣中成藥市場潛力有待開發。目前大陸對臺中成藥輸出量不大，主要原因為中成藥仍屬于未開放項目，大陸中成藥產品無法按照正常渠道進入臺灣。中成藥產品主要是經香港轉口進入臺灣，臺灣當局接受香港的公司向臺當局提出藥品注冊申請。但臺灣中成藥市場仍具有一定的容量，其程度不亞于東南亞的一些國家，臺灣中藥醫療機構有1985家，其中，中醫醫院109家，中醫診所1876家；另有中藥房約13000家。

　　優勢：從研發到營銷均有合作空間

　　盡管市場增長緩慢，但臺灣中藥產業仍然積累了一定的優勢：中藥廠品質管控嚴格規范，深受國際市場認同；中藥濃縮制劑已經使用46年之久，積累了寶貴的經驗；中藥類產品的國際營銷網絡基本成型，很多定單來自歐美、日本和東南亞國家；中藥新藥研發數量多，進展速度快等等。

　　基礎研究豐富，是臺灣中草藥研發的后盾。臺灣早在上世紀60年代就已經開始研究、鑒定中草藥與臺灣民間草藥的藥材基源、化學成分，至今已經累積相當的基礎。北醫生藥所幾十年研究下來，已經累積超過600種藥材，超過100種的藥物，并建立了一套中草藥資料庫。臺灣的藥理篩選技術也全球知名，有助于做藥效評估試驗。

　　由于臺灣島內市場較小，廠商規模不大，新藥研發成本較高，許多公司在新藥申請進入臺灣臨床試驗階段的時候，也同時尋求國際合作伙伴并為進入國際市場做準備。整體來看，臺灣中藥臨床試驗的新藥以癌癥及癌癥輔助治療為主，其次為抗感染、骨骼關節和心腦血管等方面的治療。在四個階段的常規臨床實驗中，臺灣目前申請臨床試驗的以Ⅱ期藥理試驗階段為主，少數中藥新藥甚至可以直接進入Ⅲ期臨床。

　　就上述臺灣中藥產業的現有優勢，憑借《海峽兩岸醫藥衛生合作協議》簽定的契機，兩岸制藥企業在中藥產業方面的合作或將逐漸從藥材領域擴展開來。對大陸藥企來說，開拓臺灣醫藥市場已不是夢想。