黨中央、國務院確定深化醫藥衛生體制改革的總體目標是：建立健全覆蓋城鄉居民的基本醫療衛生制度，為群眾提供安全、有效、方便、價廉的醫療衛生服務，切實緩解群眾“看病難、看病貴”問題，基本建立覆蓋城鄉居民的基本醫療衛生制度。為使改革盡快取得實效，國務院明確了近期需要抓好的五項重點改革任務，其中，初步建立國家基本藥物制度是保證群眾基本用藥的可及性和有效性，減輕群眾基本用藥負擔的一項重要改革任務。2009年，國務院發布《國家基本藥物目錄（基層部分）》，包括307個品種，其中化學藥品和生物制品205種，中成藥102種和中藥飲片，而民族藥沒有列入，只作出規定：“民族自治區內政府舉辦的基層醫療衛生機構配備使用國家基本藥物目錄以外的民族藥，由自治區人民政府制定相應管理辦法。”

    蒙醫蒙藥是幾千年來為各族人民特別是蒙古民族的繁衍生息作出了重要貢獻，至今仍是廣大人民群眾防病治病的重要手段，是祖國醫學的組成部分，同時也是東方醫學的重要組成部分，是我國非物質文化遺產的寶貴財富。不僅在內蒙古自治區廣泛使用，在黑龍江、吉林、遼寧、甘肅、青海、新疆、河北等七省區的十幾所蒙醫醫院也普遍使用，特別是近年來在北京、上海、廣東、云南、海南等省市也開始被用來防病治病。

    2009年出臺的《國務院關于扶持和促進中醫藥事業發展的若干意見》中對中醫藥（包括民族醫藥）的重要作用進行了闡述：“長期以來，中醫藥和西醫藥互相補充、協調發展，共同擔負著維護和增進人民健康的任務，這就是我國醫藥衛生事業的重要特征和顯著優勢。中醫藥臨床療效確切、預防保健作用獨特、治療方式靈活、費用比較低廉，特別是隨著健康觀念變化和醫學模式轉變，中醫藥越來越顯示出獨特優勢。中醫藥作為中華民族的瑰寶，蘊含著豐富的哲學思想和人文精神，是我國文化軟實力的重要體現。扶持和促進中醫藥事業發展，對于深化醫藥衛生體制改革、提高人民群眾健康水平、弘揚中華文化、促進經濟發展和社會和諧，都具有十分重要意義”。