從基因組、轉錄組、表觀基因組、調控組、宏基因組等各個生物層面上對生物體進行信息解讀，是理解復雜生命機理的關鍵。新一代測序技術的飛速發展，為我們從各個角度觀測生命系統提供了可能。新一代測序技術又稱高通量測序，是對第一代DNA測序技術顛覆性革命，以2005年454公司推出基于焦磷酸測序技術的454測序儀為標志，代表著新一代測序技術的推廣和應用。隨后的2006年，美國Illumina公司進軍新一代DNA測序市場，研發出了自己測序平臺—Solexa測序儀。2007年，美國ABI公司也推出了他們的第二代測序平臺—SOLiD測序儀。目前這三大測序平臺是普遍使用的DNA測序儀，從市場銷售情況來看，illumina測序儀成為測序領域主流。每年發表的測序文章中，基于illumina測序平臺占了絕大部分。
 

高通量測序技術的風起云涌，測序價格的一降再降，各個測序公司的激烈競爭，使得新一代測序已然成為分子生物學實驗室中的平民化工具。該技術極大推動了生命科學的發展，讓人們可以更方便快捷地洞察生物學的奧秘。由于儀器設備和專業的生物信息分析團隊限制，很多老師的項目都只能與公司合作。現在市場上與測序相關公司近百家，雖然高通量測序本身是一項高端技術，需要一定的實力，但跟其他行業一樣，也是魚龍混雜、泥沙俱下，因此選擇合適的測序方案，性價比高的測序公司對項目的順利開展至關重要。與各位老師接觸的過程中，發現了一些問題，整理一下作為給即將利用該技術老師一個參考。
 

首先是公司的選擇。對于任何一家公司都有其優勢和不足，選擇時主要有兩點可供參考：第一該公司是否有自己的測序平臺？目前有自己測序平臺的公司并不多，如果沒有自己的測序平臺，爭取到項目后就要交給別的公司去測序，這樣在測序質量和項目周期上就沒法保證，有時會嚴重耽誤項目的進程，延誤文章的發表，甚至被別人搶發。光有測序平臺還不成，還要看是什么樣的測序平臺？很多老師都有個誤區，覺得測序質量各個公司都差不多，其實這樣的想法是不正確的。不同的測序平臺數據質量和產出量是不一樣的，甚至同樣的Hiseq2000測序平臺，前年買的和今年買的測序儀在測序質量上都會有一定出入。可以讓公司提供已完成項目的數據Q30和Q20，作為一個參考，公司自己制定其他數據評判標準與標準的Q30是兩個概念，結果很漂亮但不代表真實數據質量。
 

第二是公司是否有強大的生物分析團隊？有時花了不菲的價格，測了一堆數據，卻無法完成后續數據挖掘分析，將其轉化成可靠的結果，只能困在電腦里面，眼看著數據資源的優勢在一點點流逝而毫無辦法。曾經碰到一個老師，測了上百張生物芯片的數據，卻沒有給分析出結果，守著一堆數據不斷找公司進行后續挖掘。生物信息分析不是簡單的跑跑流程，靠某一軟件進行簡單基因功能預測，這樣得出的結果到底有多大的可信度，沒人敢保證。比如基因組從頭測序，目前有很多公司提供該項服務，但真正有實力做好這項工作的公司有幾家？從公司有無從頭測序文章，文章發在什么雜志上就能知道這家公司是否有雄厚的生物信息分析功底，是否可以做相關項目。
 

其次是價格的衡量。無論什么樣的交易，價格永遠是核心問題中的核心。俗話說，一分錢一分貨，便宜的但不一定是好的。比如說同樣的4Gb轉錄組測序分析，不同的公司價格相差很多，這是為什么？站在老師的角度，可以考慮一下幾點。樣品檢測是否使用了目前標準的四種檢測方法，并將檢測報告及時發送給老師？測序文庫構建是否采用了illumina Truseq RNA/Samll RNA Sample Pre Kit及其推薦的配套試劑，而不是使用其他試劑公司提供的配套試劑？比如說有的公司會說建庫按照illumina Truseq RNA指定方法進行建庫，這里面就存在著問題，可能是采用了illumina Truseq RNA的protocol，但并沒有采用原裝試劑。如果樣品的質量和建庫質量無法保證，會從數據源頭上導致低豐度轉錄本信息的丟失和數據偏好性。替代試劑的采用雖然降低了成本，但同時也降低了測序質量。4Gb的數據質量是clean data還是Raw data。clean  data是指除去了接頭及低質量序列的數據，跟raw data完全兩碼事。同樣，后面生物信息分析要看公司提供的僅僅是簡單跑流程，還是根據科研目標，選擇分析軟件，調整參數，對結果提出合理的解釋，給出最出色的問題解決方案。
 

最后是后續服務。合同沒有簽時，可能將老師當上帝，小心伺候著。但一旦簽了合同，打了項目款，后面就沒有了保證。最后結題報告發給老師，如何解讀報告以及相關問題，可能連人都找不到了，因此后續服務也是非常重要的一點。
 

以上是自己工作時的一點感悟，希望能夠給各位準備或者打算做高通量測序老師和同學一些參考。我會隨時更新這篇博文，將相關問題羅列出來，在做相關項目時少走或者不走彎路。