來自工信部的數據顯示，2013年醫藥工業增加值同比增長12.7%，增速較上年的14.5%有所回落。醫藥工業規模以上企業主營業務收入突破2萬億元大關，但增長速度較2012年的20.4%下降了2.5個百分點，自2007年以來首次低于20%。
林建寧指出，今年1—4月份醫藥工業銷售收入同比增長13.2%，比起全球藥品市場是高的，但對比前幾年國內市場則是明顯下滑，利潤率一直徘徊在10%左右。
“調低今年醫藥經濟走勢，主要基于以下幾個因素。”林建寧說，一是醫療衛生投入明顯放緩，新醫改最初幾年8500億元的投入，使得整個醫藥衛生市場增長很大，到了2013、2014年醫療衛生投入稍減緩。二是
醫院控費使得醫院終端消費下降。三是出口不理想。
來自中國醫藥保健品進出口商會的統計，今年1-5月份合計中藥類、西藥類、
醫療器械類的商品進口額同比增長12.65%，而出口額同比增長只有4.97%。其中，在進口額中占比超過六成的西藥類商品同比增速為14.46%，遠高于同類出口增速5.51%。
中國醫藥保健品進出口商會副會長許銘表示，我國有6500多家藥廠，但大部分
企業停留在大宗原料藥、低附加值產品的生產。相比國際平均水平——公司研發投入占銷售收入8%，我國不到2%。2012年全國醫藥研發投入總和為53億美元，只抵得上跨國藥企阿斯利康一家的研發投入。
不僅如此，企業扎堆研發的現象還很嚴重，抗感染藥物依然占到新藥申報的絕大部分，這說明很多企業方向感并不是很明確。
“今年對整個醫藥的形勢不是很樂觀，全年出口增幅也只能是在4%—5%之間。”許銘說。
事實上，我國醫藥產業非均衡發展的背后還隱藏了重重矛盾。一方面，粗放型的發展方式和環境承載能力之間的矛盾突出。“我曾經在石家莊調研，生產一噸VC要消耗300噸水、500度電、40噸氣，但是VC的價格和產業發展卻遠不足以彌補為此付出的環境代價。”許銘告訴記者。
另一方面，相對落后的產業融資環境和確保產業可持續發展之間的矛盾。“很多中小企業抱怨去銀行借不到錢，為什么錢不進來？”中國外商投資企業協會
藥品研制和開發行業委員會執行總裁卓永清解釋道，資本市場是逐利的，
醫藥研發不僅需要大量資金而且周期很長，投資回報與其他行業不同。即便是對有能力投入創新藥的大企業而言，在仿制藥步步緊跟的激烈市場競爭下，能夠獲取收益的時間也越來越短。
此外，行業發展還面臨著急速膨脹的國民醫療需求與有限供應資源之間的矛盾，產業結構升級與既有布局之間的矛盾，新一波市場機遇與國際競爭力不足的矛盾等。
困局如何破解，中國醫藥行業該如何健康發展并在國際市場上贏得主動？業內專家建議，一是設立特定子行業的退出通路，即短期內不可能出現復生或反彈的企業，或是高污染、高耗能的企業，政府責令其盡快退出。二是建立若干產業增長極，對形成一定規模的產業聚集地加大力度，推動它的快速發展。三是建立成長型子行業的積極干預機制；四是推進監管體系與國際接軌，以及統籌協調相關部門的產業管理職能等。