我國是原料藥生產和出口大國，但出口產品中的結構性缺陷比較嚴重，傳統的價格優勢也在逐漸喪失。總體來看，當前我國原料藥出口中主要存在以下問題：
一是部分大品種產能呈現周期性過剩，價格起伏較大。我國生產的原料藥大多品種老、附加值低。以
2010年出口統計為例，出口的
223個編碼商品中，均價超過100美元
/公斤的有
27種，占1
2.11%，但出口額占全部原料藥出口總額的比重只有5.59%。47%的原料
藥品種出口均價在10美元
/公斤以下。可見，我國原料藥結構性缺陷比較嚴重，高端原料藥比例過低。眾多原料藥生產企業博弈于低端產業鏈，低水平同質化現象嚴重，其結果是低價競爭愈演愈烈。更令人擔憂的是，部分企業急功近利，看到什么產品出口價格上漲就盲目上馬或擴產，很快就造成市場嚴重供過于求，重新跌入惡性競爭的泥潭。如青霉素工業鹽
、VC等大宗品種都是如此。這種周期性惡性競爭的怪圈，形成了中國原料藥產業中的痼疾，既消耗了許多重要資源，又極大地損耗著企業的元氣，嚴重阻礙著原料藥產業的
健康發展。
二是成本上漲較多，難以轉嫁給進口商。中國原料藥歷來以價廉物美著稱，低廉成本形成的價格優勢是進入國際市場最大的和傳統的競爭優勢。但是這種傳統的優勢正在逐漸喪失。2010年，企業生產
、經營成本上升較多：首先是環保
標準的提高，迫使一部分企業從沿海發達地區遷出，增加了重置企業的成本，就地改造環保設施的企業，投入成本也大大增加，且每年還要支出較高的維護成本；其次是人力成本增加，新的勞動合同法實施后，有些企業的用工成本增加了20%～30%，而各地發生的“用工荒”更是加大了中小企業的用工成本；三是原材料漲價，煤
、水
、油
、電、運輸等成本普遍上漲
，致使企業生產成本居高不下
，但許多產品的出口價格不僅沒有同步增長
，而且同比還有下降。很多出口企業表示
，上升的成本只有30%～50%能夠通過溝通由客戶分擔
，大多數企業需要通過技術改造、強化管理甚至犧牲利潤來自己消化，壓力很大。
三是出口退稅前景不樂觀，競爭優勢減弱。出口退稅是國家對出口貿易的一個重要的促進措施，但是隨著低碳、環保等政策的逐漸深入，原料藥的出口退稅前景越來越不樂觀。由于許多原料藥屬于“兩高一資”產品，出口退稅率從13%降為5%，直接影響了原料藥的出口價格。雖然在國際金融危機的背景下，多數產品出口退稅率回升到9%，部分產品回到11%，但要恢復到13%～15%的水平相當困難。雖然生物
醫藥是國家的重點發展領域，原料藥中的部分產品也是高科技、高附加值產品，但由于大多數原料藥海關編碼都是綜合碼，所以要想提高這些產品的出口退稅率也非常困難。近年來，一些產品的出口報關編碼歸類爭議也越來越多，由于不同編碼的出口退稅率相差6個百分點，不同的歸類結果對
企業的影響也非常大。出口退稅率的降低，使我國一些產品在和印度企業的競爭中處于劣勢。
四是人民幣有升值趨勢，經營風險較大。人民幣升值壓力一直是懸在出口企業頭上的一把利劍。2月10日，人民幣兌美元匯率升至6.5849，創匯改以來新高。目前，以美國為首的西方國家還在施壓人民幣升值，人民幣依然有升值的趨勢。相對于外貿企業3%左右的利潤率，再考慮到金融危機以來多數國家貨幣貶值的因素，人民幣大幅升值對企業的打擊將是毀滅性的。人民幣升值的預期甚至影響到企業的簽單意愿，對匯率變化的擔心直接影響到原料藥出口貿易的發展。
五是產業鏈延伸不足，在與印度的競爭中差距較明顯。印度是中國原料藥出口的最大競爭對手，總體上講，中國原料藥在出口量和部分大品種上相對印度有優勢，但在下游產品的競爭上，印度明顯占優。2010年，印度從我國進口的原料藥均價超過歐美國家，反映出印度在原料藥下游產品或品牌質量上加大了發展力度，中、印企業在這方面的差距有可能拉大。因為印度本來就在企業國際化程度、獲得高端市場質量認證、開拓歐美和非洲制劑市場等方面領先于我國企業，我企業如不注意發展原料藥產業鏈和高端市場，就有淪為印度企業原料藥加工廠的危險。