自公布之日起，新版基藥目錄在行業內已經泛起了不小的波瀾。業界高度看好2012年版目錄對整個醫藥行業的影響，其關注度遠高于2009年版，但也可以看出，因其實施程度和實施范圍顯著擴大，相近品種競爭加劇，企業綜合實力如客戶資源分布、經銷商網絡和代理商質量等將導致競爭優劣勢明顯分化。
 
　　獨家品種成爭奪焦點
 
　　新版基藥目錄把一些中成藥企業的獨家品種列入目錄之中，這樣就等于把一些市場全部給了部分企業，但細看不難發現，這些企業都是在民族藥或者中成藥有獨特貢獻的，比如神威藥業、以嶺藥業、康緣藥業等，中成藥相較西藥來說，價格低、副作用小等，此次目錄新增了這些品種和品規，是一種進步的表現。
 
　　隨著基藥目錄的公布，各省的招標方案和增補方案將會備受關注。盡管許多廠家的業務人員表現得很淡定，但經營企業和部分代理商早已聞風而動，開始了資源的爭奪戰。不難發現，這次增加的213個品種特別是中成藥和獨家品種成為了爭奪的焦點。如康緣藥業的3個主導產品：桂芝茯苓膠囊、腰痹通膠囊和南星止通膏，天士力的養血清腦顆粒、以嶺藥業的蓮花清瘟膠囊和參松養心膠囊等。
 
　　兼并重組更常態化
 
　　此次新版基藥目錄的出臺有多重重要意義，不僅關系著老百姓的用藥，更關系到很多藥品生產企業和經營企業甚至從業個人的生死存亡。從新版基藥目錄呈現的特點來看，將會導致醫藥行業產生一種奇怪的“買豬和賣豬”現象，即企業的并購與被并購。
 
　　新版基藥目錄最主要的是增加了品種，增加了類別，增加了兒童藥。目前臨床上兒童藥，特別是能進入醫保和新農合的兒童用藥特別急需，此次基藥目錄緩解了這一問題，讓醫生有了更多的選擇，讓患者的看病成本大幅度下降。同時，大病、特病用藥有了新的保障，如抗腫瘤、血液病、精神類、艾滋病等病種的用藥范圍有所擴大。