由于2009版《國家基本藥物目錄》對品種總數限制過于嚴格，因此遴選更側重于主流人群，使得大部分婦女、兒童等特殊人群常用藥物未進入基藥目錄，導致基層醫院醫生面對一些婦科兒科常見病無藥可用。婦科用藥中，臨床常用的中成藥婦科用藥僅有8個品種入圍。適合兒童服用的藥物的劑型更少，化學藥部分明確標明兒童使用的具體用量只有5個品種，中成藥僅有小兒消積止咳口服液1個小兒專用品種，在兒童感冒、咳嗽、健脾消食等中成藥優勢領域都缺乏兒童專用藥物。因此，業內人士呼吁新版基藥目錄能大幅增加婦科兒科用藥。
相關部門顯然關注到了業界的呼聲，2012版基本藥物目錄較原版目錄婦科產科用藥明顯增加，新增4個化藥品種和12個中成藥品種，其中中成藥品種增幅達150%。針對原基藥目錄缺少兒科用藥和兒童專用劑型的問題，本次新版基藥目錄對兒童用藥的關注明顯增強，目錄中可用于兒童的藥品近200種，其中兒童專用劑型、規格70余個，涵蓋顆粒劑、口服溶液劑、混懸液、干混懸劑等適宜劑型。多個兒童專用藥進入基藥目錄，特別是中成藥目錄，有10個品種屬于兒科專用藥，如小兒寶泰康顆粒、小兒熱速清口服液、小兒化毒散等。
婦科用藥：
暢銷獨家品種入圍
根據廣州市婦女兒童醫療中心體檢中心此前公布的一組數據，廣州市婦女的陰道炎、宮頸炎、子宮肌瘤等常見婦科病的患病率平均分別為13.43%、21.03%、10.58%，并呈現明顯上升趨勢。疾病發病率的日益增高使得臨床婦科用藥的需求逐年提升。由于中成藥副作用小，適于長期用藥，適應婦科疾病容易復發的特點，臨床上婦科中成藥用藥市場快速增長，占據了大部分份額，尤其是OTC領域，幾乎被中成藥完全占據。
在婦科用藥市場，OTC占據三分之二的市場份額，主要用藥集中在婦科炎癥和調經養血用藥領域；而醫院市場盡管規模小于OTC，但在婦科血瘀證（如腫塊、增生等）市場用藥則集中在醫院市場。隨著基藥制度執行范圍的擴大，婦科消炎和調經養血的部分臨床常用藥進入基藥目錄，將使得一部分OTC市場轉向基層醫院市場。
根據南方醫藥經濟研究所中成藥樣本醫院銷售數據庫，臨床婦科中成藥一直保持較快增長速度，2011年樣本醫院銷售額達到10.55億元，同比增長27%。三大細分市場中，調經養血和婦科血瘀證用藥市場增速較快，而婦科炎癥用藥增速趨緩。品種方面，成都時代第一制藥獨家生產的益母草注射液是醫院市場最暢銷的婦科產品，2011年樣本醫院銷售達3487萬元，排名第二至第五位的分別是桂枝茯苓膠囊、保婦康栓、紅核婦潔洗液和丹黃祛瘀膠囊。
2012版基藥目錄新增了12個婦科中成藥。在豐富品種的同時，婦科基藥市場規模也大幅擴大。根據南方所數據庫，2009版基藥目錄的8個婦科產品2011年樣本醫院銷售額合計僅為2421萬元，絕大部分產品缺乏市場競爭力；2012版基藥新增的12個品種更側重于臨床實際需求，臨床常用的大部分婦科品種入圍，增補的12個品種樣本醫院銷售額達到10,297萬元。
婦科中成藥市場OTC領域和處方藥領域有著明顯的區別，OTC市場更青睞千金片、花紅片等廣告產品，而在處方藥市場，銷量位居前列的普遍是一些推廣能力較強的中藥獨家品種，如桂枝茯苓膠囊、保婦康栓、葆宮止血顆粒和坤泰膠囊4個基藥品種